Родился в Евгений Иванович 7 февраля 1954 в Перми. Отец — Иван Фёдорович, профессиональный военный, в годы войны полковой разведчик, вышел на пенсию в звании подполковника. Мать — урождённая Анна Маркеловна Бунькова, домохозяйка. Он был младшим из трех детей — старшие брат и сестра. Учился в специализированной английской школе № 77 в Перми. Окончил экономический факультет Пермского государственного университета в 1976 по специальности «экономическая кибернетика».

В школе писал тексты капустников, юмористическую пьесу о Фантомасе, киносценарий-пародию «Тайна кормовой свёклы». В 10 классе организовал ВИА «Кентавры», в университете — ВИА «Рапсоды». Писал музыку и стихи для всех оригинальных песен ансамблей, музыку и некоторые песни к мюзиклу, поставленному по пьесе Е. Юрандота «Обратная связь». Руководил эстрадным оркестром пермского Дома культуры строителей, ансамблем «Аэроплан». В 1979-80 гг. занимался каратэ в одной из первых в Перми школ, особых спортивных успехов до разгона школ каратэ в СССР не достиг, но следы не поверхностного знакомства с боевыми искусствами заметны во многих произведениях автора.

Дебютировал рассказом «Космический десант» (1964). Первые рассказы построены на реалиях мира Полдня Стругацких. Как все фантасты его поколения, Филенко испытывал трудности с публикацией, но из-за раннего дебюта этих трудностей пришлось на его долю больше других. Активно сотрудничал в пермском Клубе любителей фантастики «Рифей» со дня основания, член правления. Участник Пермского семинара Клуба любителей фантастики , «Аэлит-83, 89, 90», «Волгакона-91», «Интерпресскона-95», «Интерпресскона-97». Был членом литературного объединения при Пермской организации Союза писателей. Печатался в газетах Перми, журналах, сборниках «Поиск». Произведения переведены на английский, венгерский.

Бесспорна принадлежность Евгения Филенко к так называемой «пермской волне» — группе авторов, преимущественно дебютировавших в фантастике в 80-е гг. и объединявшихся вокруг Клуба любителей фантастики «Рифей» и сборника «Поиск».

В 1993 организовал издательство «Бегемот», выпустившее «Галактического Консула».

12 ноября в санкт-петербургском Доме писателя были объявлены имена лауреатов международной Литературной премии имени Аркадия и Бориса Стругацких («АБС-премии») по итогам 2019 года.

Премия имени братьев Стругацких присуждается за лучшее фантастическое произведение года. Лауреатам вручают золотые медали в форме семигранной гайки. По словам организаторов, она является символом самого искусства, поскольку такая гайка не может быть ни продуктом природы, ни плодом технологического прогресса. 

В номинации «Художественная проза» принимали участие восемь писателей, в том числе автор романов «Омон Ра» (16+), «Чапаев и Пустота» (18+) и «Generation «П»» (18+) Виктор Пелевин и Андрей Столяров, написавший 17 книг, среди них — «Изгнание беса» (12+), «Альбом идиота» (12+) и другие. В этом году, лауреатом премии стал Евгений Филенко с романом «Очень странные миры».

Евгения Филенко уже не первый год критики называют «третьим братом Стругацким». Его проза наследует лучшим традициям советской фантастики, лицом которой являются Аркадий и Борис Стругацкие. Пишет Филенко много, а вот издаваться активно начал недавно. Его главный труд — серия романов «Галактический консул», который создавался на протяжении трёх десятилетий, — полностью был опубликован в 2019 году в московском издательстве «Престиж Бук

Роман «Очень странные миры» написан в 2015 году. Это пятая книга из цикла, рассказывающего и фантастическом мире галактического консула Константина Кратова. По сюжету он возвращается с Земли в Галактику, где у него остались незавершенные дела.

По материалам Лаборатория фантастики, Российская газета, Новости Пермского края, 59RU, Новый компаньон